پس از حکومت امير مؤمنان و حکومت چند ساله ي امام حسن ـ عليه السلام ـ و اندکي در عصر آل بويه مرعشيان و ديگر حکومت هاي کوتاه مدت شيعي که در مناطق مختلف اسلامي تحقق يافت و پس از آن شيعه در اختناق کامل و تقيه و سرکوب به سر برده و بسياري از آثار علماي شيعه و کتابخانه هاي آنها طعمه حريق و آتش سوزي دشمنان شيعه شده است. علماي شيعه ظهور صفويان را بهترين وقت براي حيات و رسيدن به آزادي غنيمت شمرده و دعوت پادشاهان صفوي را جهت ترويج فرهنگ شيعه در ايران اجابت کردند و در اين راه پس از حضور علماي جبل عامل به ايران که محقق کرکي از جمله آنها بوده، خدمات بسيار گرانسنگ به ايران اسلامي نمودند. بنابراين علت اصلي همکاري آنها عمل به وظيفه شرعي و تبليغ در سايه ي حمايت صفويان بوده است و اين عمل علماي شيعه با سيره ي ائمه کاملا سازگاري داشته و از مباني شرعي برخوردار است. بر اساس آيات قرآن ابلاغ و ارشاد و هدايت انسان ها يک وظيفه ي واجب الهي است که خداوند به دانشمندان و عالمان دين متوجه کرده که در صورت فراهم بودن شرايط بايسته است که به آن عمل کنند. چنان که امير مؤمنان در نهج البلاغه مي فرمايد خداوند از آگاهان پيمان گرفته که... ـ بنابراين يک پيمان الهي به همان نحو که پيامبران و ائمه را به تبليغ وادار کرده، علماي شيعه را نيز همين عهد بر آن مي داشت که از فرصت به دست آمده استفاده کنند و گرنه در مقابل خداوند مسئول بودند. چنان که در عهد مغولان علامه حلي از حله به ايران مهاجرت کرد، بقيه ي اهداف علماي شيعه در همين راستا بوده است مثلاً ـ تشکيل حوزه هاي علميه در ايران، تدوين کتاب هاي حديثي، تاسيس مراکز خدماتي به مردم مثل کتابخانه و خدمات عمومي مثل بيمارستان ها.