از دیدگاه مقام معظم رهبری حوزه و نظام اسلامی دو جریان مرتبط به هم هستند که در عین ارتباط از استقلال برخوردار هستند و یکدیگر را حمایت و پشتیبانی می کنند ، نظام اسلامی به منظور ترویج و تبلیغ معارف دین و نظریه پردازی در زمینه های مختلف و مقابله با شبهات نیازمند حوزه های علمیه است و حوزه نیزبا توجه به گستره و دامنه فعالیت خویش نیازمند مساعدت و کمک دولت اسلامی و فراهم نمودن زمینه ها و عرصه های لازم برای ترویج دین و ارزش های اسلامی است که توسط دولت اسلامی فراهم می شود اما این ارتباط و همکاری از دیدگاه مقام معظم رهبری موجب نمی شود که حوزه و دولت را از استقلال خود خارج نماید . از این رو این حمایت این دو جریان از یکدیگر دو طرفه بوده ویکطرفه نیست و همانطور که نظام متکی به حوزه است ، حوزه نیز به منظور انجام رسالت و مسئولیت های خویش ، نیازمند مساعدت و کمک های مادی و معنوی نظام اسلامی است . ایشان در این باره فرمودند :«نظام به لحاظ نظرى و علمى محتاج علماى دین و حوزه‌هاى علمیه و مستظهر به تلاش علمى آنهاست. نظام متکى به حوزه‌هاى علمیه است؛ متکى به علما، برجستگان و صاحب‌نظران دینى است. یک مفهوم دیگر هم این است که حوزه و روحانیت نسبت به نظام دینى بى‌تفاوت نیست. هیچ روحانى‌اى، هیچ عالم دینى، هیچ خادم اسلامى نمیتواند نسبت به نظامى که بر اساس اسلام پدید آمده است، با انگیزه‌ى اسلام حرکت کرده است و کار میکند، بى‌تفاوت باشد؛ نمیتواند خود را بیگانه به حساب بیاورد. این هم یک حقیقت دیگر است. آن حقیقت اول که گفتیم نظام مستظهر به حوزه‌هاى علمیه است، به خاطر این است که نظریه‌پردازى سیاسى و نظریه‌پردازى در همه‌ى جریانهاى اداره‌ى یک ملت و یک کشور در نظام اسلامى به عهده‌ى علماى دین است. آن کسانى میتوانند در باب نظام اقتصادى، در باب مدیریت، در باب مسائل جنگ و صلح، در باب مسائل تربیتى و مسائل فراوان دیگر نظر اسلام را ارائه بدهند که متخصص دینى باشند و دین را بشناسند. اگر جاى این نظریه‌پردازى پر نشد، اگر علماى دین این کار را نکردند، نظریه‌هاى غربى، نظریه‌هاى غیردینى، نظریه‌هاى مادى جاى آنها را پر خواهد کرد. هیچ نظامى، هیچ مجموعه‌اى در خلأ نمیتواند مدیریت کند؛ یک نظام مدیریتى دیگرى، یک نظام اقتصادى دیگرى، یک نظام سیاسى دیگرى که ساخته و پرداخته‌ى اذهان مادى است، مى‌آید جایگزین میشود؛ همچنان که در آن مواردى که این خلأها محسوس شد و وجود داشت، این اتفاق افتاد. حوزه‌هاى علمیه و علماى دین پشتوانه‌هائى هستند که موظفند نظریات اسلامى را در این زمینه از متون الهى بیرون بکشند، مشخص کنند، آنها را در اختیار بگذارند، براى برنامه‌ریزى، براى زمینه‌سازى‌هاى گوناگون. پس نظام اسلامى پشتوانه‌اش علماى دین و علماى صاحب‌نظر و نظریات اسلامى است؛ لذا نظام موظف به حمایت از حوزه‌هاى علمیه است، چون تکیه‌گاه اوست. علاوه‌ى بر اینها که نظام اسلامى براى اداره‌ى ملت و کشور نیازمند به حوزه‌هاست، یک نکته‌ى دیگر هم وجود دارد و آن این است که امروز شبهه‌هائى مطرح میشود که آماج آن شبهه‌ها نظام است. شبهات دینى، شبهات سیاسى، شبهات اعتقادى و معرفتى در متن جامعه تزریق میشود - بخصوص در میان جوانان - هدفش فقط این است که یکى را از یک فکرى منتقل کند به یک فکر دیگرى؛ هدفش این است که پشتوانه‌هاى انسانى نظام را از بین ببرد؛ مبانى اصلى نظام را در ذهنها مخدوش کند؛ دشمنى با نظام است. لذا برطرف کردن این شبهه‌ها، مواجهه‌ى با این شبهه‌ها، پاک کردن این غبارها از ذهنیت جامعه - که به وسیله‌ى علماى دین انجام میگیرد - این هم یک پشتیبانى دیگر، یک پشتوانه‌ى دیگر براى نظام اسلامى است. پس نظام اسلامى از جهات مختلف متکى به علماى دین و نظریه‌پردازان و محققان و دانشمندان حوزه‌هاى علمیه است. از آن طرف، حوزه‌هاى علمیه هم نمیتوانند بى‌تفاوت بمانند. حوزه‌ى علمیه، بخصوص حوزه‌ى علمیه‌ى قم مادر این نظام است؛ به وجود آورنده و مولد این انقلاب و این حرکت عظیم است. یک مادر چگونه میتواند از زاده‌ى خود، از فرزند خود غافل بماند، نسبت به او بى‌تفاوت باشد، در هنگام لازم از او دفاع نکند؟ ممکن نیست. بنابراین نسبت بین حوزه‌هاى علمیه و نظام جمهورى اسلامى، نسبت حمایت متقابل است. نظام از حوزه‌ها حمایت میکند، حوزه‌ها از نظام حمایت میکنند؛ همکارى میکنند، به یکدیگر کمک میکنند. روحانیت شیعه همیشه مستقل بوده، هرگز در قبضه‌ى قدرتها قرار نگرفته است؛ امروز هم همین جور است، بعد از این هم باید همین جور باشد و به توفیق الهى همین جور خواهد بود. اما در اینجا هم مراقب باشید یک مغالطه‌ى دیگرى به وجود نیاید؛ استقلال حوزه‌ها به معناى عدم حمایت نظام از حوزه و حوزه از نظام تلقى نشود؛ یک عده‌اى این را میخواهند. بعضى‌ها میخواهند به عنوان استقلال و به نام استقلال، رابطه‌ى حوزه را با نظام قطع کنند؛ این نمیشود. وابستگى غیر از حمایت است، غیر از همکارى است. نظام به حوزه مدیون است؛ باید به حوزه‌ها کمک کند. البته معیشت طلاب به صورت سنت معمول و بسیار پرمعنا و پررمز و راز باید به وسیله‌ى مردم اداره شود؛ مردم بیایند وجوهات شرعى‌شان را بدهند؛ این اعتقاد من است. اما مسائل حوزه‌ها فقط مسئله‌ى معیشت نیست. در حوزه‌ها هزینه‌هائى وجود دارد که جز با کمک بیت‌المال مسلمین و کمک دولتها امکان ندارد آن هزینه‌ها تحقق پیدا کند. دولتها موظفند این هزینه‌ها را بدهند، دخالتى هم نباید بکنند. حوزه پشتیبانى‌هاى گوناگون را از سوى نظام میپذیرد، با عزت و با مناعت. این پشتیبانى‌هائى که امروز نظام از حوزه‌هاى علمیه میکند و باید هم بکند و باید هم بیشتر بشود، اینها وظائفى است که دارد. فقط هم پشتیبانى مادى نیست. امروز بحمداللَّه مهمترین و عمومى‌ترین تریبونهاى ملى در اختیار فضلاى حوزه‌هاى علمیه، در اختیار مراجع معظم است؛ اینها حمایت است، اینها حمایتهاى نظام است. نظام اسلامى باید این حمایتها را بکند، به دلیل همان پیوندى که گفته شد. پس این مسئله‌ى دخالت و استقلال را نبایستى با آن حقایقى که در این باب وجود دارد، مخلوط کرد. حقیقت این است که این دو جریان عظیم - یعنى جریان نظام اسلامى و در دل آن، جریان حوزه‌هاى علمیه - دو جریانى هستند که به هم مرتبطند، به هم متصلند، سرنوشت آنها یکى است؛ این را همه بدانند. امروز سرنوشت روحانیت و سرنوشت اسلام در این سرزمین، وابسته و گره خورده‌ى به سرنوشت نظام اسلامى است. نظام اسلامى اندک لطمه‌اى ببیند، یقیناً خسارت آن براى روحانیت و اهل دین و علماى دین از همه‌ى آحاد مردم بیشتر خواهد بود. البته نظام زنده است، نظام سرپاست، نظام قوى است و با اطمینان کامل عرض میکنم نظام بر همه‌ى چالشهائى که در مقابلش قرار دارد، فائق و پیروز خواهد شد.(پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری ،بیانات در دیدار طلاب، فضلا و اساتید حوزه علمیه قم ،29/7/89)